索引与引文图谱
Index 表面
在 Synthesis Workbench → Index 页面，可以管理 Canonical Reference Index。Index 表面包含 两个子视图：
注册表视图（Registry View）
显示库中所有已跟踪论文的列表，每行展示一篇论文及其覆盖状态：
- 论文信息：标题、作者、年份
- 覆盖度：完整/部分/缺失（摘要、参考文献、引文分析三类产物的覆盖状态）
- 展开行：展开后显示该论文的参考文献列表，每条引用标记其绑定状态（未绑定/候选/已接受/已拒绝）
- 筛选：按范围（全部/库内/被引用）、覆盖度、搜索筛选
规范参考视图（Canonical Reference View）
当活动索引工具切换为"修订规范"时显示：
- 规范引用列表：去重后的规范引用记录
- 搜索与筛选：按绑定状态、图谱可见性、重定向状态、是否有重复候选筛选
- 操作：元数据编辑、合并重复引用、创建重定向、查看审核项
Canonical Reference Index（规范参考文献索引）
Canonical Reference Index 是 Synthesis 系统的核心索引，对文献库中所有论文的参考文献进行去重和规范化管理。它从 Reference Sidecar（参见概览中的"Reference Sidecar"章节）获取原始引用数据，经过提取、规范化和匹配绑定后形成。
功能
- 全文搜索：在所有规范化引用中搜索
- 元数据编辑：修改引用记录的元数据
- 合并：将重复的引用记录合并（自动创建重定向）
- 重定向：将一个引用指向另一个规范记录
- 审校：查看引用匹配的质量审核项
- 去重：发现可能的重复引用
引用记录类型
| 类型 | 说明 |
|---|---|
| 已绑定（bound） | 已与 Zotero 库中的条目关联 |
| 外部引用（external） | 知道该文献但不在当前 Zotero 库中 |
| 未解析（unresolved） | 从参考文献中提取但尚未识别 |
Reference Matching Pipeline（引用匹配流水线）
引用匹配是自动将论文中提取的参考文献与 Zotero 文献库条目建立关联的过程。系统采用两阶段模型，兼顾性能与精度。
两阶段模型
第一阶段：轻量级 Sidecar 刷新
在常规操作中运行（如摘要应用后），扫描 Sidecar 状态，对比引用产物哈希，仅处理有变更的引用。不运行高级去重或索引构建，仅执行轻量级的规范分配和绑定。
- 触发时机：Workflow 执行完成并写入产物后、显式刷新操作
- 处理范围：增量（仅变更的引用）
- 算法：简单标识符匹配（DOI、arXiv、ISBN）
第二阶段：高级引用匹配
显式触发的深度匹配操作。构建一个完整的引用匹配索引，运行全面的匹配和去重算法。
- 触发时机：用户手动触发、定期维护
- 处理范围：全量
- 算法：多策略匹配 + 聚类去重
高级引用匹配、刷新索引、重建 Citation Graph 等操作计算量较大。由于 Zotero 采用单一宿主进程架构，这些操作在执行期间可能导致 UI 短暂卡顿，请耐心等待。此问题计划在后续版本的架构重构中解决。
匹配策略
| 策略 | 匹配依据 | 置信度 | 说明 |
|---|---|---|---|
| DOI 匹配 | DOI 标识符 | 确定性 | 精确匹配，自动接受 |
| arXiv 匹配 | arXiv ID | 确定性 | 精确匹配，自动接受 |
| ISBN 匹配 | ISBN 号 | 确定性 | 精确匹配，自动接受 |
| 标题相似度 | 模糊标题匹配 | 高/中/低 | 使用标准化标题、紧凑标题进行相似度计算 |
| 作者+年份 | 作者名和发表年份 | 中/低 | 结合作者规范化和年份范围进行匹配 |
置信度级别
| 级别 | 说明 | 操作建议 |
|---|---|---|
deterministic | 确定性匹配 | 自动接受 |
high | 高置信度 | 可接受 |
medium | 中等置信度 | 建议审核 |
low | 低置信度 | 需要审核 |
review | 需要人工判断 | 必须审核 |
聚类去重
高级匹配阶段会对规范引用进行聚类去重，算法流程：
- 为每个规范引用构建去重记录（含资格过滤和书目噪声分析）
- 成对比较产生聚类边（标识符精确匹配、标题规范匹配、模糊标题匹配等）
- 边聚合成集群和子集群
- 生成自动重定向或建议审核的去重提案
安全约束：低置信度的匹配（如 contained_extension_risk）从不触发自动重定向，需要用户审核。
Review 表面
在 审核中心 中，可以查看和处理引用匹配提案，逐条进行接受或拒绝操作。
Citation Graph（引文图谱）
引文图谱将文献库中的论文及其参考文献可视化为网络图。图谱数据以 SQLite 投影的形式构建，可容忍一定的数据过期（非实时镜像）。
节点类型
| 节点 | 颜色 | 说明 |
|---|---|---|
library_paper | 蓝色 | Zotero 库中已有的论文 |
external_reference | 绿色 | 已知但不在库中的引用 |
unresolved_reference | 灰色 | 提取但未识别的引用 |
边信息
每条引文边包含：
- mention_count：被引次数
- primary_role：主要引用角色（如 background、comparison、support、contrast）
- aux_roles：辅助角色列表
- role_evidence：角色判断依据
图谱指标
引文图谱可以计算出多项指标，帮助识别核心论文和有影响力的工作：
| 指标 | 说明 |
|---|---|
| 被引次数 | 论文被引用的总次数 |
| PageRank | 基于图结构的节点重要性评分 |
| Foundation 分数 | 作为领域基础工作的程度 |
| Frontier 分数 | 作为前沿工作的程度 |
可视化布局
| 布局 | 说明 | 适用场景 |
|---|---|---|
| Force（力导向） | d3-force 力导向布局 | 探索整体结构 |
| Radial（径向） | 以选定节点为中心展开 | 分析某篇论文的引用网络 |
| Components | 按连通组件分组 | 发现独立的引用集群 |
交互操作
- 缩放/平移：自由浏览图谱
- 悬停：查看节点标签和基本信息
- 点击节点：在 Zotero 中打开对应的论文条目
- 筛选：按角色、主题、节点类型筛选显示的引文
- 切换低信号引用：显示/隐藏低引用次数的边
- 深度滑块：控制引文网络的展开深度
主题过滤
可以按 Topic 过滤引文图谱，只显示与特定主题相关的论文和引用关系。主题范围在图谱中以不同的颜色和分组展示。
下一步
- 审核中心 — 审核引用匹配和去重提案
- 创建 Topic 综合 — 基于引文网络创建主题分析
- Home 仪表板 — 查看库洞察指标
- WebDAV 同步 — 跨设备同步引文绑定数据